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アベンジャーズは、ヒドラの残党バロン・フォン・ストラッカーが極秘裏にロキの杖を使い人体実験を行っていることを掴み、東欧ソコヴィアの研究施設を襲撃する。市民たちを守るためスタークは、鉄の軍団アイアン・レギオンを呼び寄せた。ヒドラはアベンジャーズの襲撃に対し、人体実験で特殊能力を得た双子のワンダとピエトロを解放し、アベンジャーズと対峙させる。ピエトロは森からアベンジャーズを襲い、この戦いでバートンは怪我を負った。

スタークとロジャースは、施設を守る防壁を突破した。施設内に難なく侵入できたロジャースは、ストラッカーを見つけ逮捕することに成功する。スタークは、アーマーを脱いで施設内のデータを収集しながら秘密の通路を進んでいると、ロキの杖を発見することができた。しかし、背後から忍び寄ってきたワンダによって幻覚を見せられることになる。幻覚の世界では、アベンジャーズの全員が戦いに敗れ死に絶えていた。瀕死のロジャースはスタークに「君ならこの世界を救う事が出来たのに、なぜ諦めた」という言葉を残して息絶えた。幻覚から解放され、スタークはロキの杖を手に取り、アベンジャーズはニューヨークに帰った。

帰還したスタークとバナー博士は、持ち帰ったロキの杖の先の宝石に人口知能らしきものがあることを発見する。スタークはこれを使った「ウルトロン計画」を発案した。それは、人工知能を使った平和維持システムだった。ある夜、人口知能が自我に目覚め、地球を救うためには人類を抹殺しなければならないと信じて、世界を破壊しようとアベンジャーズの抹殺に乗り出すことになる。